U administrativnom smislu, regija Hercegovina se sastoji od 23 općine, i prostre se na oba entiteta (Federacija BiH i Republika srpska), odnosno obuhvaća 16 općina iz 3 županije iz Federacije BiH (Hercegovačko-neretvansku, Zapadno-hercegovačku i Herceg-bosansku), te 7 općina iz istočne Hercegovine (Republika Srpska).